En 2001, el desarrollo de la gestión resulta positivo en los primeros nueve meses del ejercicio para luego sufrir los efectos negativos de los dramáticos eventos del 11 de Septiembre y del incidente de Linate. Eventos que causan una consistente reducción del transporte aéreo a nivel mundial con picos de hasta el 25%.
En el 2001, Air Italy transporta 3.269.664 pasajeros.

En el 2002, la Compañia introduce importantes innovaciones comerciales. De particular relevancia el programa “Asuntos del Corazón” y la tarifa “RevolucionAria” que son grandemente apreciados por el mercado. Se efectua además una reestructuración del “network”, optimizando la red de conexiones y la relativa capacidad, siguiendo una lógica de mejoramiento y racionalización de la oferta.
En el 2002 Air Italy transporta 3.518.169 pasajeros con una variación de +7,6% respecto al ejercicio precedente.

En Enero del 2003, Air Italy lanza su novedosa posición, introduciendo la nueva estrategia comercial basada su una política de tarifas de solo ida a partir de 9 euros, combinada con un nivel de servicio tradicional. Además aumenta la capacidad ofrecida durante el periodo invernal y consolida un acuerdo de “code share” con la compañia aérea Alpi Eagles con el objetivo de reforzar la presencia de Air Italy en las rutas nacionales entre el Nord-Este y el Sur de la Península.
En el 2003 Air Italy transporta mas de 4 millones de pasajeros, registrando un aumento par al 14% respecto al año anterior.

En Febrero del 2004, Air Italy lanza su propia oferta “Smart-fly”: el primer producto para el mercado business con tarifas “low price” (bajo precio) en vuelos de Roma a Milan Linate y viceversa; y de Roma a Verona y vv. a partir de 9 euros.